Ciljevi HRVATSKOG MIKROSKOPIJSKOG DRUŠTVO MARJAN su:
Poticanje, pomaganje i razvijanje svih vrsta mikroskopije kao i s njima povezanih tehnika i metoda.
Područje djelovanja Udruge sukladno njenom cilju je obrazovanje, znanost istraživanja.
Okupljanje svih osoba koje u svom radu koriste mikroskopiju, poticanje i usuglašavanje suradnje između i pojedinca i grupa svih vrsta mikroskopičara.

Organizacija predavanja, seminara, radionica, kongresa, tribina i drugih stručnih skupova iz područja mikroskopije i srodnih djelatnosti te područja prirodnih znanosti, područje bio tehničkih znanosti i interdisciplinarna područja znanosti.

Strukovno povezivanje i stručno usavršavanje članova, poticanje studenata i mladih stručnjaka da se bave primjenom i usavršavanje svih mikroskopskih metoda te proučavanje i istraživanje na područjima prirodnih znanosti, područjima bio tehničkih znanosti i interdisciplinarnim područjima znanosti.

Udruga Hrvatsko Mikroskopijsko Društvo Marjan je član Zajednice tehničke kulture Splitsko-dalmatinske županije.